Chùa Liên Phái với tên chữ là “Liên Phái tự” tọa lạc tại cuối ngõ Chùa Liên Phái, phố Bạch Mai, phường Cầu Dền, quận Hai Bà Trưng, Hà Nội. Theo bia đá của chùa ghi lại: “Lúc mới xây dựng (1726) chùa có tên là chùa Liên Hoa. Đến năm 1733, đổi tên là Liên Tông. Đến năm 1840 đời vua Thiệu Trị, vì phải kiêng tên húy vua (Nguyễn Miên Tông) nên mới đổi thành chùa Liên Phái.”
Chùa do Lân Giác Thượng sĩ tên thật là Trịnh Thập, em ruột chúa Trịnh Cương tạo dựng và làm trụ trì. Chùa Liên Phái là chùa Tổ của phái Liên Tông một trong những dòng thiền của Phật giáo xuất hiện ở nước ta dưới thời Hậu Lê (thế kỷ XVII, XVIII). Đây đồng thời là trung tâm in khắc gỗ kinh Phật lớn nhất của giới Phật giáo Việt Nam. 
Chùa có quy mô kiến trúc lớn, cảnh quan không gian rộng, bao gồm: Tam quan, tháp Liên hoa 11 tầng, nhà bia bốn mái, chùa chính, nhà Mẫu, nhà Tổ, vườn tháp, nhà vong và các công trình khác. Hiện nay, chùa còn bảo lưu được hệ thống di vật phong phú như: Các pho tượng Phật, hệ thống tấm bia đá, hương án, cuốn thư, cửa võng, tranh gỗ, bài thơ chữ Hán, hoành phi, câu đối gỗ, 1 quả chuông “Liên Tông tục diện” (Liên Tông kế tục sáng ngời) thời Lê Trung Hưng và tấm biển gỗ lớn khắc 3 bài thơ tứ tuyệt viết năm Khải Định thứ nhất (1919). Đặc biệt là pho tượng Nguyễn Đăng Giai tục gọi là Thượng Giai - Người đứng ra xây dựng ngôi chùa Liên Trì bên cạnh hồ Hoàn Kiếm mà hiện nay chỉ còn lại dấu tích là tháp Hoà Phong, khi chùa này bị phá hủy, tượng ông được đưa vào chùa Liên Phái, đặt nơi tiền đường của chùa. 
Với những giá trị tiêu biểu về lịch sử - văn hóa, khoa học – kiến trúc, nghệ thuật,... chùa Liên Phái được xếp hạng Di tích Lịch sử - Kiến trúc nghệ thuật cấp Quốc gia ngày 28/4/1962.